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Sus scrofa: COL1A2

Collagen type I alpha 2 chain

Ahn et al. G3 10: 4037-4047, 2020

Species Gene Aliases Location Status Expressed Allele
Sus scrofa COL1A2   Not Imprinted Biallelic
1      ttttagcacccaggcggcaggaggtttcggcaaagttggaggtactggccacgactgcat     60
       ............................................................
61     gcctgcgcccgccaggtgatacctccgccggtgacccaggggctctgctacacaaggagt    120
       ............................................................
121    ctgcatgtctaagtggtagacATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTT    180
       .....................M--L--S--F--V--D--T--R--T--L--L--L--L--
181    GCAGTAACTTCGTGCCTAGCAACATGCCAATCTTTACAAGAGGCAACTGCAAGAAAGGGC    240
       A--V--T--S--C--L--A--T--C--Q--S--L--Q--E--A--T--A--R--K--G--
241    CCAACTGGAGATAGAGGACCACGCGGAGAAAGGGGTCCACCAGGCCCACCAGGCAGAGAT    300
       P--T--G--D--R--G--P--R--G--E--R--G--P--P--G--P--P--G--R--D--
301    GGTGATGATGGTATCCCAGGCCCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTT    360
       G--D--D--G--I--P--G--P--P--G--P--P--G--P--P--G--P--P--G--L--
361    GGCGGGAACTTTGCTGCTCAGTATGATGGAAAAGGAGTTGGAGCTGGCCCTGGACCAATG    420
       G--G--N--F--A--A--Q--Y--D--G--K--G--V--G--A--G--P--G--P--M--
421    GGTTTGATGGGACCTAGGGGCCCTCCTGGGGCAGTTGGAGCCCCTGGCCCTCAAGGTTTC    480
       G--L--M--G--P--R--G--P--P--G--A--V--G--A--P--G--P--Q--G--F--
481    CAAGGACCTGCTGGTGAGCCTGGCGAACCTGGTCAGACTGGTCCTGCTGGTGCTCGTGGT    540
       Q--G--P--A--G--E--P--G--E--P--G--Q--T--G--P--A--G--A--R--G--
541    CCACCTGGCCCTCCTGGCAAGGCTGGTGAGGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCT    600
       P--P--G--P--P--G--K--A--G--E--D--G--H--P--G--K--P--G--R--P--
601    GGTGAGAGAGGAGTTGTTGGACCACAGGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTT    660
       G--E--R--G--V--V--G--P--Q--G--A--R--G--F--P--G--T--P--G--L--
661    CCTGGCTTCAAGGGCATTAGGGGTCACAACGGTCTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGT    720
       P--G--F--K--G--I--R--G--H--N--G--L--D--G--L--K--G--Q--P--G--
721    GCTCCAGGTGTGAAGGGCGAACCTGGTGCCCCCGGCGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACA    780
       A--P--G--V--K--G--E--P--G--A--P--G--E--N--G--T--P--G--Q--T--
781    GGAGCTCGCGGGCTTCCTGGTGAGAGAGGACGTGTCGGTGCTCCTGGCCCAGCTGGTGCC    840
       G--A--R--G--L--P--G--E--R--G--R--V--G--A--P--G--P--A--G--A--
841    CGTGGAAATGATGGAAGTGTGGGTCCTGTGGATCCTGCTGGTCCCATTGGGTCTGCTGGC    900
       R--G--N--D--G--S--V--G--P--V--D--P--A--G--P--I--G--S--A--G--
901    CCTCCAGGCTTCCCAGGTGCTCCTGGCCCCAAGGGTGAACTTGGACCTGTTGGTAACCCT    960
       P--P--G--F--P--G--A--P--G--P--K--G--E--L--G--P--V--G--N--P--
961    GGTCCTGCAGGTCCTGCGGGTCCCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGTGTTTCTGGCCCT   1020
       G--P--A--G--P--A--G--P--R--G--E--V--G--L--P--G--V--S--G--P--
1021   GTTGGACCTCCTGGCAACCCTGGAGCCAACGGCCTTCCTGGTGCTAAGGGTGCTGCTGGC   1080
       V--G--P--P--G--N--P--G--A--N--G--L--P--G--A--K--G--A--A--G--
1081   CTGCCTGGTGTTGCTGGGGCTCCTGGCCTCCCTGGGCCTCGAGGTATTCCTGGCCCTGCT   1140
       L--P--G--V--A--G--A--P--G--L--P--G--P--R--G--I--P--G--P--A--
1141   GGTGCTGCTGGTGCTACTGGTGCCAGAGGTCTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAGCTGGTTCC   1200
       G--A--A--G--A--T--G--A--R--G--L--V--G--E--P--G--P--A--G--S--
1201   AAAGGAGAGAGCGGCAACAAGGGCGAGCCTGGTGCTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGT   1260
       K--G--E--S--G--N--K--G--E--P--G--A--A--G--P--Q--G--P--P--G--
1261   CCCAGTGGTGAAGAAGGAAAGAGAGGCCCCAATGGAGAAGTTGGATCTGCTGGCCCCCCA   1320
       P--S--G--E--E--G--K--R--G--P--N--G--E--V--G--S--A--G--P--P--
1321   GGACCTCCTGGGCTGAGGGGAAATCCTGGTTCTCGTGGTCTCCCTGGAGCTGATGGCAGA   1380
       G--P--P--G--L--R--G--N--P--G--S--R--G--L--P--G--A--D--G--R--
1381   GCTGGTGTCATGGGCCCTCCTGGTAGTCGTGGTCCAACTGGCCCTGCTGGTGTTCGAGGT   1440
       A--G--V--M--G--P--P--G--S--R--G--P--T--G--P--A--G--V--R--G--
1441   CCCAATGGAGATTCTGGTCGCCCTGGAGAGCCTGGCCTTATGGGACCCCGAGGTTTCCCT   1500
       P--N--G--D--S--G--R--P--G--E--P--G--L--M--G--P--R--G--F--P--
1501   GGATCCCCTGGAAATGTTGGTCCAGCTGGTAAAGAAGGTCCTGCGGGCCTCCCTGGTATT   1560
       G--S--P--G--N--V--G--P--A--G--K--E--G--P--A--G--L--P--G--I--
1561   GATGGCAGGCCTGGACCAATTGGCCCAGCTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCAACATTGGA   1620
       D--G--R--P--G--P--I--G--P--A--G--A--R--G--E--P--G--N--I--G--
1621   TTCCCTGGACCCAAAGGCCCCACTGGTGATCCTGGCAAAAATGGTGAAAAAGGTCATGCT   1680
       F--P--G--P--K--G--P--T--G--D--P--G--K--N--G--E--K--G--H--A--
1681   GGTCTGGCTGGTGCTCGGGGTGCCCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCT   1740
       G--L--A--G--A--R--G--A--P--G--P--D--G--N--N--G--A--Q--G--P--
1741   CCTGGACCACAGGGTGTTCAAGGTGGAAAAGGTGAACAAGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGC   1800
       P--G--P--Q--G--V--Q--G--G--K--G--E--Q--G--P--A--G--P--P--G--
1801   TTCCAGGGTCTCCCTGGCCCCGCAGGTACAGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGG   1860
       F--Q--G--L--P--G--P--A--G--T--A--G--E--V--G--K--P--G--E--R--
1861   GGTATCCCTGGTGAATTTGGTCTCCCTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGGGAGCGTGGTCCC   1920
       G--I--P--G--E--F--G--L--P--G--P--A--G--P--R--G--E--R--G--P--
1921   CCAGGTGAAAGTGGTGCTGCTGGTCCTGCTGGTCCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGA   1980
       P--G--E--S--G--A--A--G--P--A--G--P--I--G--S--R--G--P--S--G--
1981   CCCCCGGGGCCTGATGGCAACAAGGGCGAACCTGGTGTGCTTGGTGCTCCAGGCACTGCT   2040
       P--P--G--P--D--G--N--K--G--E--P--G--V--L--G--A--P--G--T--A--
2041   GGTCCATCTGGTCCTAGTGGACTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGC   2100
       G--P--S--G--P--S--G--L--P--G--E--R--G--A--A--G--I--P--G--G--
2101   AAGGGAGAAAAGGGTGAAACTGGTCTCAGAGGTGACGTTGGTAGCCCTGGCAGAGATGGT   2160
       K--G--E--K--G--E--T--G--L--R--G--D--V--G--S--P--G--R--D--G--
2161   GCTCGTGGTGCTCCTGGTGCTGTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCAATGGGGACCGG   2220
       A--R--G--A--P--G--A--V--G--A--P--G--P--A--G--A--N--G--D--R--
2221   GGTGAAGCTGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGTCCTCGTGGTAGTCCTGGTGAA   2280
       G--E--A--G--P--A--G--P--A--G--P--A--G--P--R--G--S--P--G--E--
2281   CGTGGTGAGGTTGGTCCTGCTGGCCCCAATGGATTTGCTGGTCCTGCTGGTGCTGCCGGT   2340
       R--G--E--V--G--P--A--G--P--N--G--F--A--G--P--A--G--A--A--G--
2341   CAACCTGGTGCTAAAGGAGAGAGAGGAACCAAAGGGCCCAAAGGTGAAAATGGTCCTGTT   2400
       Q--P--G--A--K--G--E--R--G--T--K--G--P--K--G--E--N--G--P--V--
2401   GGTCCCACAGGCCCTGTTGGAGCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCTCCTGGTCCT   2460
       G--P--T--G--P--V--G--A--A--G--P--A--G--P--N--G--P--P--G--P--
2461   GCTGGCAGTCGTGGTGATGGCGGCCCCCCTGGTGCTACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGA   2520
       A--G--S--R--G--D--G--G--P--P--G--A--T--G--F--P--G--A--A--G--
2521   CGGATTGGTCCTCCTGGACCTTCTGGTATCTCTGGGCCCCCTGGACCCCCTGGTCCTGCT   2580
       R--I--G--P--P--G--P--S--G--I--S--G--P--P--G--P--P--G--P--A--
2581   GGGAAAGAAGGACTTCGTGGGCCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGTCGAACTGGAGAA   2640
       G--K--E--G--L--R--G--P--R--G--D--Q--G--P--V--G--R--T--G--E--
2641   ACAGGTGCATCTGGCCCCCCTGGCTTTGCTGGTGAGAAAGGTCCCTCTGGAGAGCCTGGT   2700
       T--G--A--S--G--P--P--G--F--A--G--E--K--G--P--S--G--E--P--G--
2701   ACTGCTGGACCTCCTGGTACCCCAGGTCCTCAAGGTATTCTTGGTGCTCCTGGTTTTCTG   2760
       T--A--G--P--P--G--T--P--G--P--Q--G--I--L--G--A--P--G--F--L--
2761   GGTCTCCCTGGCTCTAGAGGTGAACGTGGTCTACCAGGTGTTGCTGGATCAGTGGGTGAA   2820
       G--L--P--G--S--R--G--E--R--G--L--P--G--V--A--G--S--V--G--E--
2821   CCTGGCCCTCTCGGCATTGCAGGCCCACCTGGGGCCCGTGGTCCCCCTGGTGCTGTGGGT   2880
       P--G--P--L--G--I--A--G--P--P--G--A--R--G--P--P--G--A--V--G--
2881   AATCCTGGTGTCAATGGTGCTCCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGAAGCGAT   2940
       N--P--G--V--N--G--A--P--G--E--A--G--R--D--G--N--P--G--S--D--
2941   GGTCCCCCAGGCCGAGATGGTCAAGCTGGACACAAGGGCGAGCGTGGTTACCCTGGTAAT   3000
       G--P--P--G--R--D--G--Q--A--G--H--K--G--E--R--G--Y--P--G--N--
3001   CCTGGTCCTGCTGGTGCTGCAGGAGCACCTGGTCCTCAAGGTGCTGTGGGTCCCGCTGGC   3060
       P--G--P--A--G--A--A--G--A--P--G--P--Q--G--A--V--G--P--A--G--
3061   AAACATGGAAACCGTGGTGAACCTGGTCCTGCTGGTTCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTT   3120
       K--H--G--N--R--G--E--P--G--P--A--G--S--V--G--P--A--G--A--V--
3121   GGTCCAAGAGGTCCTAGTGGCCCACAAGGTATTCGAGGTGAGAAGGGAGAGCCTGGTGAT   3180
       G--P--R--G--P--S--G--P--Q--G--I--R--G--E--K--G--E--P--G--D--
3181   AAGGGGCCCAGAGGTCTTCCTGGCTTGAAGGGACACAACGGATTGCAAGGTCTTCCTGGT   3240
       K--G--P--R--G--L--P--G--L--K--G--H--N--G--L--Q--G--L--P--G--
3241   CTTGCTGGTCATCATGGTGATCAAGGTGCTCCTGGCCCTGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGG   3300
       L--A--G--H--H--G--D--Q--G--A--P--G--P--V--G--P--A--G--P--R--
3301   GGTCCAGCTGGTCCTTCTGGCCCTGCTGGCAAAGATGGTCGCACTGGACAACCTGGTGCA   3360
       G--P--A--G--P--S--G--P--A--G--K--D--G--R--T--G--Q--P--G--A--
3361   GTTGGACCTGCTGGCATTCGTGGCTCTCAAGGAAGCCAAGGTCCTGCTGGTCCTCCTGGT   3420
       V--G--P--A--G--I--R--G--S--Q--G--S--Q--G--P--A--G--P--P--G--
3421   CCTCCTGGCCCTCCTGGACCACCTGGCCCAAGTGGTGGTGGTTATGATTTTGGATATGAA   3480
       P--P--G--P--P--G--P--P--G--P--S--G--G--G--Y--D--F--G--Y--E--
3481   GGAGACTTCTACAGGGCTGACCAGCCTCGCTCACCACCTTCTCTCAGACCCAAGGATTAT   3540
       G--D--F--Y--R--A--D--Q--P--R--S--P--P--S--L--R--P--K--D--Y--
3541   GAAGTTGATGCTACTCTGAAATCTCTCAACAACCAGATTGAGACTCTACTTACTCCAGAA   3600
       E--V--D--A--T--L--K--S--L--N--N--Q--I--E--T--L--L--T--P--E--
3601   GGCTCTAGGAAGAACCCAGCTCGCACATGCCGTGACTTGAGACTCAGCCACCCAGAATGG   3660
       G--S--R--K--N--P--A--R--T--C--R--D--L--R--L--S--H--P--E--W--
3661   AGTAGTGGTTACTACTGGATTGACCCTAACCAAGGATGTACTATGGATGCTATCAAAGTA   3720
       S--S--G--Y--Y--W--I--D--P--N--Q--G--C--T--M--D--A--I--K--V--
3721   TACTGTGATTTCTCTACTGGTGAAACCTGCATTCGGGCTCAACCTGAAAACATCCCAGCC   3780
       Y--C--D--F--S--T--G--E--T--C--I--R--A--Q--P--E--N--I--P--A--
3781   AAAAACTGGTACAGAAACTCCAAGGTCAAGAAGCACGTCTGGTTAGGAGAAACTATCAAT   3840
       K--N--W--Y--R--N--S--K--V--K--K--H--V--W--L--G--E--T--I--N--
3841   GGTGGTACCCAGTTTGAATATAATATGGAAGGAGTTACCACCAAGGAAATGGCTACACAA   3900
       G--G--T--Q--F--E--Y--N--M--E--G--V--T--T--K--E--M--A--T--Q--
3901   CTTGCCTTCATGCGCCTGCTGGCCAACCATGCCTCCCAAAACATCACCTACCATTGCAAG   3960
       L--A--F--M--R--L--L--A--N--H--A--S--Q--N--I--T--Y--H--C--K--
3961   AACAGCATTGCATACATGGATGAAGAGACTGGCAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTGCAA   4020
       N--S--I--A--Y--M--D--E--E--T--G--N--L--K--K--A--V--I--L--Q--
4021   GGATCCAATGATGTTGAACTTGTTGCCGAGGGCAACAGCAGATTCACCTACACTGTTCTT   4080
       G--S--N--D--V--E--L--V--A--E--G--N--S--R--F--T--Y--T--V--L--
4081   GTAGATGGCTGTTCTAAAAAAACAAATGAATGGAGAAAAACAATCATTGAATATAAAACA   4140
       V--D--G--C--S--K--K--T--N--E--W--R--K--T--I--I--E--Y--K--T--
4141   AATAAGCCATCTCGCCTGCCTATCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGATGCTGAC   4200
       N--K--P--S--R--L--P--I--L--D--I--A--P--L--D--I--G--D--A--D--
4201   CAAGAAGTCAGTGTGGACGTTGGCCCAGTCTGTTTCAAATAAatgaactcaacctaaatt   4260
       Q--E--V--S--V--D--V--G--P--V--C--F--K--***..................
4261   aaagaaaaaggaaatctgaaaaatttctctctttgccatttctttttcttcttttttaac   4320
       ............................................................
4321   tgaaagctgaatcattccatttcttctgcacatctacttgcttaaattgtgggcaaaaga   4380
       ............................................................
4381   gaaggagaaggattgatcagagcatcgtgcaatacaattaattcgttccctgtccctctt   4440
       ............................................................
4441   cccctccccaaaagatttggaatttttttcaacattctaacacctgttgtggaaaatgtc   4500
       ............................................................
4501   aacctttgtaagaaaaccaaaaataaaaattgaaaaataaaataaaaaccatgaacattt   4560
       ............................................................
4561   gcaccacttgtggcttttgaatatcttccacagagggaagtttaaaacccaaacttccaa   4620
       ............................................................
4621   aggtttaaactacctcaaaacactttcctgtgagtgtgatccataccattaggtgctgac   4680
       ............................................................
4681   ctatacagagatgagctgaggtacttgttttttgttcaaaatacaaaggtgctaattaat   4740
       ............................................................
4741   agtattttagatacttgaagaatgtttatggtgctaggagaatttgagaagaaatactct   4800
       ............................................................
4801   tctgttttgagttgtattgtgtattttttttcatctgatttaatatcagtactttacatc   4860
       ............................................................
4861   ttattcctgaataaaagtaaagtggatcatttgcccagcattgtcctcttctttaaattc   4920
       ............................................................
4921   agcatttgttctttgccagtctcattttcatcctctcccatggttccaaagaagccttgt   4980
       ............................................................
4981   ttctcagacaagcagaaaaattaaattgtacctattttgtatatgtgagatgtttaaata   5040
       ............................................................
5041   aattgtgaaaaaaatgaaataaagcatgtttggttttccaaaagaaaaaaaaaaaaaaaa   5100
       ............................................................
5101   aaaaaaaaaaaaaa                                                 5160
       ..............